Одним из ведущих направлений деятельности Института является проектирование объектов инфраструктуры морских и речных портов, портовых гидротехнических сооружений, перегрузочных комплексов, производственных зданий и сооружений предприятий морской отрасли. За реализацию данного направления отвечает Сектор промышленного проектирования (СПП) ЮжНИИМФ, который осуществляет разработку проектов нового строительства, реконструкции, технического перевооружения, капительного ремонта объектов капитального строительства и опасных производственных объектов. СПП обеспечивает сопровождение рассмотрения и экспертизы проектной документации в государственных органах, получение согласований и заключений, необходимых для начала строительства. Перед разработкой документации выполняется весь необходимый комплекс инженерных изысканий и предпроектных работ.